Nel Museo delle Origini sono esposti materiali preistorici italiani che spaziano dal Paleolitico inferiore alla prima età del Ferro. I reperti esposti provengono dalla collezione Rellini, fondatore del Museo, e da prestiti concessi da varie Soprintendenze italiane: la maggior parte di essi è frutto di raccolte di superficie e di scavi archeologici effettuati soprattutto nell'Italia centro-meridionale ed insulare. Vi sono inoltre alcuni calchi di oggetti particolarmente importanti, i cui originali sono esposti in musei esteri (crani che illustrano le varie tappe dell'evoluzione umana dalle australopitecine a Homo, "veneri" paleolitiche, strumentario in osso). Tre plastici illustrano: una capanna di un abitato eneolitico (Maccarese - Roma), un villaggio palafitticolo del Bronzo antico e medio e un nuraghe del Bronzo finale- prima età del Ferro. Tra i complessi più importanti ricordiamo quelli provenienti dal sito di Coppa Nevigata con la sua imponente stratigrafia che va dal Neolitico antico all'età del Bronzo, dal villaggio palafitticolo di Ledro, con alcuni reperti lignei eccezionalmente conservati, dalla grotticella funeraria di Manaccore (Bronzo medio iniziale), alcuni corredi funerari delle necropoli protovillanoviane del Sasso di Furbara-Roma e parte del ripostiglio di bronzi della prima età del Ferro di Piediluco. Annesso ai locali espositivi vi è un Laboratorio dove sono depositati altri materiali consultabili a richiesta. In questo Laboratorio si effettuano catalogazione e studio dei manufatti provenienti dagli scavi svolti annualmente dall’Istituto. Il Museo ospita anche un Laboratorio archeometrico dove si svolgono indagini specialistiche sui materiali archeologici: si tratta dello studio tecnologico e funzionale di strumenti litici e su osso e in ceramica. Il Laboratorio di archeometria è dotato di vari microscopi (metallografico, a luce polarizzata, stereoscopico), di un sistema fotografico per la documentazione delle immagini e di un sistema video per effettuare lezioni e seminari su argomenti tematici. Vi è, infine, un laboratorio specializzato per il restauro e per l'allestimento dei reperti archeologici.